На начало игры Наруто 15 лет. Он и Джирайа, решили, что лучшее место для тренировок всё-таки остаётся Коноха. Сакура продолжает обучение у Цунадэ. Саске находится в лапах у Орочимару. Все из их выпуска постепенно стали Чуунинами, а многие и Джоунинами. Мир с Суной не заключён.

Орочимару не сидит, сложа руки. Помимо захвата деревень его интересуют новые сторонники, поэтому змеиный Саннин отправляется в Коноху, где находит свою бывшую ученицу, Митараши Анко. Он пытается переманить девушку на свою сторону, но ничего не получается. Орочимару применяет одну из техник и накладывает её на Анко, тем самым, подчинив разум и тело Куноичи себе. Теперь в Скрытом Листе на одного Джоунина меньше, а в Скрытом Звуке, соответственно больше.

Гаара встречается с Пятой Хокаге для заключения мирного договора. Но резкое появление Орочимару и переход одного из Джоунинов на сторону Звука срывает переговоры. Гаара решает остаться ещё на неделю, дабы всё-таки заключить мирный договор.

Орочимару же продолжает искать союзников и узнаёт, что каким-то чудом остались живы Хаку и Забуза, скрывающиеся на данный момент в Деревне Скрытого Тумана. Он отправляет туда Кабуто, чтобы тот любой ценной переманил их на сторону Звука.

Акацуки тоже не спят. Лидер узнал о таинственном оживлении Хаку и Забузы и даёт приказ Итачи и Кисаме найти их, убить и принести их головы Пейну. В это время Сасори и Дейдара отправляются в Коноху.

Первым, добравшись до Кири, Итачи выслеживает и нападает на Хаку с Забузой. Увы, природная осторожность берет верх и, после непродолжительной схватки, Учиха отступает для того, чтобы встретиться с напарником и действовать уже вдвоем. Немного времени спустя, мечника Тумана с учеником находит Кабуто. Рассказав о возможности присоединиться к Скрытому Звуку и заручившись их согласием, он собирается доставить Туманников к Орочимару, но на пути вновь встают Акацуки. Завязывается сражение и, поняв, что с двумя такими противниками им не сладить, Кабуто использует выданный Орочимару на крайний случай свиток телепортации.

Замаскировавшись, и проникнув в Коноху, Сасори и Дейдара останавливаются в одной из гостиниц и узнают, что в деревне находится Гаара Пустынный, владелец Шикаку, а так же они узнают о переходе некой Анко на сторону Звука. Вскоре они нападают на Гаару и в ходе битвы, Пустынный теряет контроль над Шикаку, так же в битве оказывается тяжело ранена Темари, сопровождавшая брата.

Цунадэ в ярости. Гаара и Темари лежат в местной больнице, залечивают раны. Так и не получив Шикаку, Сасори и Дейдара отправляются обратно ни с чем. В Звуке, наконец, оживился Орочимару. Он собирает команду подчиненных из Таюи, Забузы, Хаку и Анко, которым предстоит проникнуть в Коноху с какими-то туманными, но явно не хорошими целями. Проходит отрезок времени и Гаара с Темари приходят в рабочее состояние. В Конохе полным ходом идут переговоры Хокаге и Казекаге. Цунадэ с Гаарой битый час обмениваются загадочными взглядами и туманными фразами, но ни к чему путному прийти пока не могут. Сопровождающая брата Темари молча страдает.

В этот момент Пейн даёт новое задание, и на сей раз своей напарнице, Конан. Ей предстоит добраться до Суны и похитить Канкуро, дабы через него выманить Гаару.

Слухи о похищении Канкуро доходят до слуха Хокаге и Казекаге. Гаара категорически отказывается подписывать договор, до тех пор, пока Цунадэ не вышлет Шиноби на освобождение его брата.

Цели на данный момент:
1. Заключить Мирный Договор между Суной и Конохой;
2. Освободить Канкуро;
3. Противостоять Орочимару и его приспешникам.