Наруто: Смутное Время – ролевая игра с ответственным отыгрышем. Продуманная система боя и ролевые мастеры помогают поддержать постоянный ход игрового процесса.
А теперь к сюжету:
Действие начинается с момента праздника в Танзаку в честь Тсунаде. Коноховцы и другие шиноби не подозревали об опасности, которой они повергли все селение. А ведь последняя миссия, проваленная командой Какаши по возвращению Саске, должна была только ускорить процессы тренировки. Затишье перед бурей закончилось разгромом курортного города, похищением девятихвостого, и нападением на Коноху змеиного саннина.
В Суне собираются силы для атаки Конохи. Шиноби продолжают собираться с силами, не подозревая о шпионах за их спинами. Тем временем, пока бдительность всех мирных жителей и союзников ослаблена, шпионы Мизукаге ака Мадары узнают для него информацию, что атака на Коноху для победы над змеиным саннином пройдет в лесу Смерти. Воспользовавшись всеобщей занятостью, Мадара призывает Кьюби в Ото. Демон разрушает селение, заставив жителей соседних деревень бежать в панике в другие страны для помощи. Однако, Кьюби-то призван, но в одиночку подавить его Учиха не в состоянии. Он даже не подозревает, с какой стороны  придет неожиданная помощь…